Για την επίτευξη της αποστολής του σε μεσοπρόθεσμο και μακροπρόθεσμο ορίζοντα, ο ΕΦΕΧ έχει θέσει μία σειρά από στόχους, σε συνάρτηση με το βαθμό ανάπτυξης και τις προσδοκίες εξέλιξης της αυτοφροντίδας στην Ελλάδα.
Για το διάστημα 2015-2020 στόχος του ΕΦΕΧ είναι:
- Η απλούστευση των κανονιστικών διαδικασιών έγκρισης ΜΗ.ΣΥ.ΦΑ.
- Η ενθάρρυνση της εισαγωγής νέων φαρμάκων προς όφελος των πολιτών
- Η προώθηση εκπαιδευτικών προγραμμάτων που απευθύνονται στους επαγγελματίες υγείας και τους επαγγελματίες της βιομηχανίας
- Πραγματοποιεί εκστρατείες ενημέρωσης για το ευρύ κοινό που θα συμβάλουν στην ανάπτυξη της αυτοφροντίδας και τη δημιουργία νέων θέσεων εργασίας, πχ. Αντικαπνιστική εκστρατεία, διαβήτης, παχυσαρκία, κ.α.
-